Odpověď na názor

attributes.ove­rride_redirect dělá právě to, že disabluje window manager pro tenhle program (aby tak šel udělat fullscreen bez dekorace okna). Zkoušel sem nainstalovat si emerald ale taky nějak bez úspěchu, debian nic takového nezná. Na nějakém fóru jsem našel, že emerald je mrtvý projekt ještě dýl než compiz (z toho skoro plyne že oba jsou dead).

Obecně víme kde to padá - na řádce 681 (XSetInputFocus) ... jen nevím proč, ani nevím jak to udělat aby to při chybě třeba nějak ignorovalo a pokračovalo dál.

Zkusíme něco. Přidal jsem tam, aby to XSetInputFocus volalo pouze když je aktivní fullscreen.
Prosím zkus stáhnout znovu z GITu a rekompilovat. Díky! :)