Odpovídáte na názor ke článku Udělej si vlastní linuxový systém II..
Makefile může kromě části install obsahovat také část uninstall. Instalované soubory lze pak jednoduše odinstalovat pomocí "make uninstall". Pokud část uninstall definována není, lze seznam instalovaných souborů, nebo také hotový balík, získat pomocí nástrojů jako Installwatch, CheckInstall nebo Buildpkg.
Ano, systém pro správu software lze vytvořit také v Bash. Viz sorcery v Source Mage GNU/Linux.