Normální distribuci nainstalujete na USB flash jen těžko. Daleko jednodušší je to s live distribucemi, které obsahují patche pro tyto účely. Například Slax se takto dá nainstalovat během minutky díky prográmku MySlaxCreator (jen pro Windows). Kromě Slaxu mám osobní zkušenost s instalací Ubuntu na USB flash, dá se to udělat tak, že se vám na speciální partition automaticky ukládají změny, takže se to chová opravdu jako normální systém, nainstalovaný na harddisku. Akorát spouštění systému trvá asi 3 minuty, protože se nejdříve musí rozbalit komprimovaný systém do paměti. Po spuštění již vše běhá standardní rychlostí.
Jak píšete, hlavní nevýhodou je nutnost nastavení bootování v biosu, nehledě na to, že ne každá deska umí s USB disku systém zavést. Pokud se ale například pohybujete mezi více počítači, u kterých víte, že to dokáží, je to rozhodně lepší volba, než CD (i u bootování z CD může být někdy potřeba změnit boot priority). Samozřejmě musíte počítat s tím, že flash paměti mají omezený počet zápisů, takže jednoho dne ji odrovnáte. Naštěstí se takto nainstalovaný systém dá velice snadno zálohovat a poté ze zálohy obnovit.
No a kdybyste si chtěl vyrobit vlastní live distro v podstatě z jakékoliv distribuce, mrkněte sem: http://www.linux-live.org/